L'aspect actuel du pont Saint-Nicolas de Joigny date de sa reconstruction au XVIIIe et XIXe siècles. Côté porte du pont, les deux arches en pierre suivies des trois arches en bois définitivement emportées par les crues en 1725 ont été reconstruites en pierre en 1728 selon les plans de Germain Boffrand, ingénieur royal des Ponts et Chaussées. Quant aux sept arches côté faubourg, elles ont été remplacées par quatre arches sous la direction de Huppeau en 1765. Près d’un siècle plus tard, Desmaisons a substitué une seule arche aux deux premières arches de Boffrand.