A partir de la construction du tombeau de Napoléon, l’Hôtel des Invalides poursuit sa fonction de monument d’exception. En 1871, le musée de l’Artillerie, dont les collections sont installées dans le cloître de Saint-Thomas d’Aquin à Paris, emménage aux Invalides. Il est rejoint en 1897 par le tout nouveau musée historique de l’Armée, créé à la suite de l’Exposition universelle de 1889, et par les services du gouverneur militaire de Paris. Les deux musées fusionnent en 1905 sous le nom de musée de l’Armée. La Première Guerre mondiale amène un regain d’intérêt patriotique et des trophées de guerre sont exposés dans la cour d’honneur.