Pour être reconnus de race Comtoise, les jeunes étalons doivent obligatoirement être marqués au fer sur le plat de l’encolure gauche avec les initiales 'TC' (Trait Comtois) entrelacées. Le marquage a lieu en public après validation du standard de race du cheval par une commission composée d'un représentant du Haras local et d'au moins un représentant du Syndicat d'élevage du cheval Comtois. Il est également matérialisé sur le Certificat d’Origine de l’animal par l’apposition d’un tampon et l’indication d’un numéro de Stud-Book. L'obtention de cette marque n'est possible que si le cheval a ses quatre grands-parents marqués.