Il fréquente les roseaux et les végétations denses du bord des étangs et des rivières lentes. Son habitat est varié et s'étend aussi aux marais, aux digues, aux rivages abrités, aux estuaires, massifs de papyrus, mangroves, sablières, champs d'épandage et cours d'eau bordés d'arbres. Le Martin-pêcheur huppé vit en solitaire ou en couple et adopte un comportement territorial [Oiseaux.net].