Le buffet d'orgues aurait été offert par l'archevêque Martin de Beaune au xvie siècle mais cette tradition n'est pas documentée. Il est placé au fond du bras sud du transept sur une tribune en bois. Endommagé pendant les guerres de Religion, il a subi ensuite plusieurs restaurations et même au xviie siècle une véritable reconstruction, sans doute vers 1620. Le style du buffet actuel est d'ailleurs assez caractéristique de cette époque. Les nombres de jeux et de tuyaux sont inconnus.