L’Hôpital Caroline a été construit sur l’île de Ratonneau, au sein de l’archipel du Frioul, connu pour être, dès le XVIème siècle le cœur de la protection sanitaire de Marseille. C’est en effet là que se trouvait la zone de quarantaine pour les marins débarquant des terres lointaines. Or, aux alentours de 1820, l’ensemble des ports de la Méditerranée sont touchés par une épidémie de fièvre jaune. Devant les risques de paralysie du commerce maritime, véritable poumon économique de Marseille, l’État ordonne la construction d’une digue reliant les îles de Pomègues et de Ratonneau afin d’y construire un nouveau bassin de quarantaine : le Port Dieudonné. En 1822, un projet d’établissement sanitaire est commandé. Inauguré en 1828, l’hôpital sera nommé Caroline en hommage à Caroline de Bourbon Sicile qui était l’épouse du Duc de Berry.