Les raies manta sont des espèces pélagiques, c'est-à-dire qu'elles vivent entre les eaux proches de la surface ou entre la surface et le fond. Habituellement, on les trouve entre la surface et 40 m de profondeur, elles ont pu, en de plus rares occasions, être observées à grande profondeur. Une raie manta géante a ainsi été enregistrée à 1 000 m de profondeur !