La portada principal o de ingreso al templo, que hoy se ve al poniente, fue abierta con posterioridad y labrada según diseño de Covarrubias, pero se realizó muchos años más tarde (1606-10), cuando se había perdido el gusto por el gótico, la que algún autor llama, humorísticamente, «semigótica y semirenacentista», o sea, ni una cosa ni otra. Ostenta variedad de esculturas de santos franciscanos que cortejan la imagen elevada de San Juan Evangelista, dentro de un arco conopial. Escudo y cruz coronan el conjunto entre yugos y flechas. Dos soldados, con cota y manto romanos, vigilan la entrada desde la altura de unos contra-fuertes, apunte de renacimiento fuera de lugar.