L'église Saint-Saturnin qui existait à Pont-Saint-Esprit en 984, était celle du prieuré Saint-Saturnin-du-Pont. Elles est donnée par Géraud d'Uzès à l'abbaye de Cluny. De l'église reconstruite au xiie siècle il ne reste pratiquement rien. L'édifice est de style gothique tardif avec un clocher a complété au xixe siècle. L'église est réaménagée dans les années 1340. Les travaux les plus importants datent du xve siècle. Ils ont été financés par les paroissiens. Le portail est construit entre 1485 et 1490. Antoine de Joyes, fermier du sel, recteur de l'œuvre hospitalière en 1473, a largement contribué financièrement à la construction. D'après Alain Girard, le portail a probablement été construit par Blaise Lécuyer qui travaillait sur le portail de l'église du Saint-Esprit (église de l'hôpital) depuis 1474. L'église semble avoir été consacrée en 1535. L'église est saccagée et brûlée par le baron des Adrets en 1562, les voûtes et les chapelles latérales sont démolies. L'église est restaurée entre 1595 et 1600 avec le rétablissement des voûtes de la nef. En 1754, la façade a été modifiée pour établir la tribune de l'orgue, entraînant la démolition du décor surmontant le portail, le haut gâble, la balustrade et une rose. L'église est totalement pillée en 1793. Elle a perdu son clocher et la flèche. L'église est louée à l'armée en 1822. Elle est rendue au culte en 1826. L'église est entièrement reprise entre 1848 et 1865. Les chapelles latérales sont reconstruites. Elle fait l'objet d'une inscription au titre des monuments historiques depuis le 11 décembre 2012.