Die Höhle befindet sich am Hohlen Berg, etwa einen Kilometer östlich von Muggendorf. Die Doktorshöhle ist etwa 50 Meter lang, ihr Eingang misst etwa fünf mal drei Meter. Die Höhle wurde nach ihrer Entdeckung durch Erschließungsarbeiten stark verändert. Es gibt noch Reste des ursprünglichen Tropfsteinschmuckes und einige Sinterbecken. Im Höhlenkataster Fränkische Alb (HFA) ist die Doktorshöhle als C 62 und vom Bayerischen Landesamt für Denkmalpflege als Bodendenkmal D-4-6133-0114[1] registriert.