Surplombant l'entrée du port et un arrière-pays inhabité, Bonifacio commande le détroit et les voies maritimes qui ouvrent sur la mer Tyrrhénienne. Pour la cité citadelle, la priorité est d'assurer sa fonction militaire. Pour y pénétrer, il ne faut pas moins emprunter un cheminement escarpé, traverser un système défensif ingénieux fait de pont, de passerelles, de pont-levis, de 4 portes pourvues de herses pour enfin franchir la porte de Gênes. Une fois ces obstacles traversés, il est impossible à tout assaillant de se mettre à l'abri du feu des canons installés sur les bastions. De lourds sacrifices financiers ont été consentis au cours des siècles pour assurer l'entretien ou la réparation des fortifications. Convoitée et parfois assiégée, la cité a fréquemment essuyé des attaques terrestres ou maritimes repoussées pour la plupart avec bravoure. Elle est réputée imprenable.