El castillo de Zafra y sus alrededores tienen una larga historia. Se han encontrado fragmentos de cerámica de la Edad del Bronce y del Hierro en cavidades de roca y en las cercanías del castillo. Es posible que los romanos ocuparan la roca sobre la que ahora se alza el castillo, ya que se han encontrado restos de estructuras de la época clásica en los terrenos del castillo. Se cree que la fortaleza más antigua conocida en el sitio fue establecida por los visigodos durante la época del Reino Visigodo antes de 720. Los musulmanes también tenían una fortificación aquí, que fue utilizada por la Taifa de Toledo. La fortaleza morisca cambió de manos en 1129 cuando los reinos cristianos del norte reconquistaron Zafra como parte de la Reconquista de la península ibérica. El Reino de Aragón asumió el control para servir como una posición defensiva clave en el sur de su territorio, para proteger a la comunidad recién creada de la ciudad y la Tierra de Daroca. Fue proclamado por el gobernante semiindependiente de la zona, Don Manrique Pérez de Lara, uno de los dominios más importantes de la Carta de Molina de Aragón, proclamado en 1154. Hasta que no acabaron los conflictos entre los diversos reinos, el castillo fue una pieza deseada. Al final llegó a manos del los Reyes Católicos. Una vez desaparecieron las luchas internas en el suelo donde se ubicaba el castillo, este perdió interés estratégico y acabó como un edifico en decadencia.