Initié au XIIe siècle et achevé au XVIIe siècle, le fort Saint-Jean, qui marque l'entrée du Vieux-Port de Marseille, sert d'abord de point de départ vers la Terre sainte à la commanderie des Hospitaliers de Jérusalem. Ils sont à l'origine de l'ajout d'une église, d'un hôpital et du palais du Commandeur. La défense du fort est améliorée par l'édification des tours du Roi René (ou tour Carrée) au XVe siècle et du Fanal (ou tour Ronde) au XVIIe siècle. À la même époque, les citadelles sont dressées sur ordre de Louis XIV suite à la rébellion des Marseillais contre le pouvoir royal. Depuis 2013, le fort Saint-Jean fait partie intégrante du MuCEM (Musée des Civilisations de l'Europe et de la Méditerranée) auquel il est relié par une passerelle de 130 mètres (à gauche).