Parmi ses nombreuses missions, le Parc national de Port-Cros est responsable de l'administration du Conservatoire botanique national méditerranéen de Porquerolles, créé le 15 février 1979. Agréé en tant que conservatoire botanique national en 1990, son rayon d'action s'étend à l'ensemble des régions méditerranéennes continentales françaises, dont la Provence et la côte d'Azur, mais également le Languedoc et le Roussillon. Le conservatoire de Porquerolles a pour rôle de réaliser l'inventaire de la flore ainsi que des habitats naturels et semi-naturels en collaboration avec un réseau de scientifiques et de botanistes.