Le lac de Longemer abrite des plantes aquatiques protégées en Europe. Des sphaignes y forment par exemple des radeaux flottants, aussi appelés « tremblants ». Il est également peuplé de nénuphars Pumila, dont les fleurs jaunes grandissent sous l'eau avant de sortir pour être pollinisées. On y trouve enfin de multiples plantes vivaces, aquatiques et submergées. Le lac de Longemer fait par conséquent l'objet d'une surveillance toute particulière, afin qu'il ne se transforme pas en tourbière.