Le Jura abrite l'une des plus grandes forêts de moyenne montagne de France avec plus de 250 000 hectares qui recouvrent 50 % du département. En plaine, la forêt de Chaux est la deuxième forêt de feuillus (chênes, hêtres) du pays. En altitude s'étendent les plus grandes sapinières d'Europe avec des épicéas plusieurs fois centenaires comme dans la forêt de Joux. Leur proximité avec la Suisse, où le lynx boréal a été réintroduit dans les années 1970, a provoqué son retour dans les forêts jurassiennes.